Pärnu Koidula Gümnaasiumil on kehtivad koostöölepingud Eesti suuremate ülikoolidega.
Olemas on koostöölepingud Tartu Ülikoolilink opens on new page ja Tallinna Tehnikaülikooligalink opens on new page
Koostööleping Tallinna Ülikooligalink opens on new page (loodussuuna arendamiseks gümnaasiumis)
Koostööleping Tartu Ülikooli Pärnu Kolledžigalink opens on new page (keeleõppe toetamiseks The International English Language Testing System (IELTS) kursuse ja testide TASUTA tegemiseks)
Koostöö Eesti Maaülikooligalink opens on new page laborite kasutamise osas loodusuunal
Koostöölepingute eesmärk on tõsta gümnaasiumihariduse kvaliteeti, kaasates Koidula kooli õppetöösse ülikoolide õppejõude, üliõpilasi ja tehnilist baasi, populariseerida teadust, akadeemilist kõrgharidust ning teadlase elukutset Eesti ühiskonnas. Suurt tähelepanu on lepingus pööratud loodus- ja reaalainete, eriti matemaatika ja tehnoloogiliste distsipliinide õppimise ja õpetamise populariseerimisele.
Koostöös ülikoolidega korraldab kool õpilastele erikursuseid ning praktikume, kasutades selleks ülikoolide laboreid ja tehnikat. Veel saavad õpilased oma uurimis- ja teadustöödele vajadusel ülikoolist juhendajat otsida. Koostöö raames jätkatakse olümpiaadide ning info- ja teemapäevade korraldamist.
Koostöös Tartu Ülikooli Teaduskooliga toimuvad Koidula koolis füüsika, keemia ja bioloogia õpitoad.
Tallinna Ülikooli akadeemiline prorektor Priit Reiska ja Pärnu Koidula Gümnaasiumi direktor Indrek Kaldo allkirjastasid 8. detsembril 2011. a Tallinna Ülikoolis kahe kooli vaheliste sidemete tihendamiseks ja koostöö arendamiseks koostöölepingu. „Mõlema poole peamiseks eesmärgiks on parandada gümnaasiumihariduse kvaliteeti, koostöö võimaldab kaasata Pärnu Koidula Gümnaasiumi õppetöösse meie ülikooli õppejõude, üliõpilasi ja tehnilisi võimalusi ning ühtlasi populariseerida akadeemilist haridust, teadust ja teadlase elukutset Eesti ühiskonnas," avaldas heameelt sõlmitava lepingu osas Tallinna Ülikooli akadeemiline prorektor Priit Reiska. Pärnu Koidula Gümnaasiumi direktori Indrek Kaldo sõnul ühtib koostöö Tallinna Ülikooliga gümnaasiumi akadeemilisuse põhimõttega ning ühtlasi aitab õpilasi paremini ette valmistada tulevasteks kõrgkooliõpinguteks. „Usun, et meie vastastikune koostöö annab Koidula kooli õpilastele võimaluse loodussuunal kasutada Eesti kõige kaasaegsemat teadusmaja, kus õpilased saavad laborites katseid teha ja kus ülikooli õppejõud saavad õpilasi innustada loodusteadusi edasi õppima minema," avaldas lootust Indrek Kaldo. Koostöö avab mõlema poole jaoks mitmeid võimalusi – näiteks saavad ülikooli õppejõud ja tudengid pakkuda oma tuge Pärnu Koidula Gümnaasiumi valikkursuste või uurimustööde juhendamisel ja kaasata õpilasi ülikooli erinevatesse teadusprojektidesse.